Suit une période d’inactivité et de déceptions. Le 21 septembre 1429 le roi dissout l’armée royale. Le 23 mai 1430, devant Compiègne, elle est capturée par les Bourguignons. Le 25 mai 1430 l’université de Paris, acquise à la cause anglo-bourguignonne, fait des démarches pour qu’elle soit livrée à l’Inquisition. En novembre elle est vendue pour dix mille écus aux Anglais. Ceux-ci veulent obtenir sa condamnation pour hérésie afin de jeter le discrédit sur la légitimité du sacre de Charles VII.
De prison en prison et malgré deux tentatives d’évasion, elle est finalement enfermée peu avant Noël, les fers aux pieds, au château-forteresse de Bouvreuil sur les hauteurs de Rouen. Les Anglais confient l’instruction du procès pour hérésie à Pierre Cauchon, évêque de Beauvais, dont relevait Compiègne.
Le 9 janvier 1431, celui-ci ouvre le procès en matière de foi. Le 21 février, Jeanne, après s’être vu refuser la permission d’assister à la messe, comparaît devant un tribunal ecclésiastique composé de quarante-trois assesseurs, prêtes, moines et religieux, la plupart pro-Anglais.
Le 27 mai 1431 commence le procès ordinaire bientôt suivi du jugement. Parmi les soixante-dix articles d’accusation, reproche lui est fait de son insoumission à l’Eglise et du port de l’habit d’homme qu’elle avait choisi pour préserver sa pureté.
Le 30 mai, Jeanne apprend la sentence finale : elle sera brûlée vive. Jeanne n’avait que dix-neuf ans.
En 1436, selon ce qu’elle avait annoncé, Paris est libérée et le royaume de France rétabli dans son intégrité. En 1455, le pape Calixte III ordonne la révision du procès. Jeanne est réhabilitée en 1456, béatifiée en 1909 et canonisée en 1920. En 1922, sainte Jeanne d’Arc est proclamée patronne secondaire de la France par le pape Pie XI.
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